Os primeiros impactos ambientais acontecem durante a construção das hidrelétricas. Para que a usina funcione é necessário um reservatório. Sua construção acaba afetando consideravelmente a fauna e flora local. De uma hora para outra, a floresta vira lago. Como a hidrelétrica é composta de uma barragem, o fluxo natural dos peixes acabam sendo interrompido drasticamente. A conseqüência é a proliferação de determinadas espécies em relação a outras. Para tentar amenizar o problema são construídas escadas nas barragens para que os peixes migratórios possam circular. A concepção de degraus é para evitar que algumas espécies morram de exaustão ao tentar repetir o seu fluxo natural de migração.
Gases do efeito estufa – Esta é a parte mais polêmica e ainda inconclusa sobre os impactos ambientais de uma usina hidrelétrica. Durante suas construções e funcionamento, as usinas hidrelétricas emitem gás carbônico (CO2) e metano (CH4), dois dos principais causadores do aumento prejudicial do efeito estufa.
A questão é saber se esse impacto é tão grande quanto das termoelétricas movidas a carvão mineral, consideradas atualmente, junto com os veículos à gasolina, as grandes vilãs do aquecimento global.
Durante os processos de geração, transmissão e distribuição, o meio ambiente sofre: as barragens mudam o regime dos rios e interferem na fauna e na flora da região; é preciso retirar pessoas e, algumas vezes, cidades inteiras das áreas onde vão ser construídas as usinas; as linhas de transmissão ocupam faixas contínuas de terra e desfiguram a paisagem; a queima de combustíveis, como o carvão e a lenha, pode esgotar os recursos naturais e poluir a atmosfera.
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